サブウーファーのLine out はLine inで入力された信号と同じ信号が出力されるのでしょうか？
それともL.P.F.などで処理された信号が出力されるのでしょうか？

入力された信号と同じ信号が出力されます。音量調整やL.P.F.で処理された信号は出力されません。
厳密にはLine in→Line outまでに半導体素子を通過しますので、その影響で、聴感では分からない程度の僅かな特性変化が生じる可能性があります。