ライン入力、スピーカー入力のどちらがお勧めか。音がいいのはどちらか。

ライン入力のほうが信号の劣化が少ないため、接続機器側にプリアウトやサブウーファアウトなどのライン出力がある場合はライン入力を推奨します。
スピーカー入力は一度パワーアンプで増幅された信号をサブウーファー側で追加で減衰するため信号劣化が生じます。