サブウーファーのライン入力端子は、LｃｈとRｃｈのステレオ端子ですが、取扱説明書には1つの端子の接続で良いと書かれています。
サブウーファー用ケーブルを探すと、アンプがモノラル、サブウーファーがステレオといった、Y型ケーブルもありますが、モノ−モノのRCA端子ケーブルの接続でも問題は無いのでしょうか？

アンプからサブウーファーへモノラル接続をしても問題はありません。
ステレオ接続の場合、サブウーファーの内部回路でLとＲがＭＩＸされることで、モノラル接続の場合よりも音圧レベルが6dB上昇しますが、音圧レベル以外の音質の差はありません。