TD-M1をMacとUSB接続して使用していますが、Apple Wireless Keyboardから音量を調節することができません。こういう仕様なのでしょうか？ 

仕様です。
MacとのUSB接続では、Mac OSの音量調節は無効になりますので、TD-M1本体か、ご使用のプレイヤーソフト（iTunes等）で、音量の調節をしてください。